Noget er landet på planet 51... MENNESKET!

Velkommen til Planet 51! Alt er som det plejer at være: græsset er grønnere end grønt, himlen er blå og stakitterne skinnende hvide. Lim er 16 år og bor i byen Glipforg på Planet 51. Hans verden er fuldstændig forudsigelig og ufarlig. Det meste af tiden bruger Lim på at dagdrømme om at blive forfremmet til leder af byens planetarium og om at invitere nabopigen Neera ud på en date.

Men så sker der pludselig noget! Midt i en hyggelig grillaften i Neeras baghave lander Kaptajn Charles "Chuck" Baker med sit rumskib. Uden at se sig omkring træder Chuck ud og planter triumferende et flag midt i indkørslen.

Men da han ser op, opdager han planetens grønne beboere, der stirrer forbløffet på ham. Chuck går i panik og flygter gennem byen og søger tilfældigvis tilflugt på planetariet, hvor Lim arbejder. Med hjælp fra Lim og hans venner, et par temmelig tumpede soldater og den trofaste hjælperobot Rover, bruger Chuck alle kræfter og tricks på at nå tilbage til sit rumskib, inden det automatisk letter for at rejse mod Jorden.